رشته‌های فوق تخصصی کودکان که در حال حاضر در ایران وجود دارد شامل بیماری های کلیه کودکان (نفرولوژی اطفال)، بیماری‌های عفونی کودکان، بیماری‌های قلب کودکان، بیماری‌های گوارش کودکان، بیماری‌های غدد و متابولیک کودکان، بیماری‌های ریه کودکان، رشته فوق تخصصی نوزادان می‌باشد.